Использовать вентиляционный канал в качестве дымохода недопустимо в любом случае. Не совсем понятно как "при выведении отдельной трубы на крышу дома была разрушена проектная система вентиляции". Если труба ОТДЕЛЬНАЯ, то почему она затронула вентканал?
Отдельную трубу можно установить сквозь потолок/крышу только на верхнем (последнем) этаже. На других этажах - только по наружной поверхности стены. Если эту трубу установили внутри общего вентиляционного короба ( когда у квартиры не отдельный вентканал, а общий короб на весь стояк (есть такая технология)), то это однозначно нарушение. Мне известна другая схемка. В доме который строился под газовые колонки подали централизовано ГВП, а дымоходы просто замуровали. При установке автономок (дымоходных) или просто газовых колонок эти каналы вскрыли ( в этих квартирах) и расконсервировали. Но такие работы не затрагивают вентканалы, они выполнены раздельно.
Наличие вентиляционного канала в кухне с газовой плитой ( не говоря уже о других газовых приборах: колонках и котлах) ОБЯЗАТЕЛЬНО.